0
Badanie genomu wirusa afrykańskiego pomoru świń (ASF) jest jak próba przeczytania manuskryptu liczącego tysiące stron, napisanego w nieznanym języku, na temat którego nadal posiadamy niepełne informacje. Ten patogen, odpowiedzialny za wyniszczającą chorobę wirusową dotykającą świnie domowe i dziki, jest obecnie jednym z największych zagrożeń dla produkcji trzody chlewnej na świecie. Jednak pomimo dekad badań jego genom jest daleki od pełnego rozszyfrowania.
Wirus „poza skalą”
Pierwszą przeszkodą w badaniu wirusa jest rozmiar i złożoność jego genomu. Przy wielkości mieszczącej się w przedziale 170–193 kilozasady wirus ASF posiada największy znany genom spośród wirusów DNA zakażających zwierzęta. Zawiera ponad 150 genów, z których wiele pełni funkcje nadal nieznane lub trudne do interpretacji.
Dla porównania wirus grypy — znacznie szerzej przebadany — posiada jedynie osiem segmentów genomowych i nieco ponad tuzin białek.
Ta ogromna złożoność genetyczna nie jest jedynie ciekawostką biologiczną: stanowi rzeczywiste wyzwanie technologiczne. Powtarzalne regiony, zduplikowane geny oraz zmienność strukturalna utrudniają pełne i dokładne sekwencjonowanie.
Niewiele sekwencji, wiele niewiadomych
Dodatkowym utrudnieniem jest niedobór kompletnych genomów udostępnianych w międzynarodowych bazach danych. Pomimo globalnego rozprzestrzenienia się wirusa dostępnych jest jedynie ograniczona liczba sekwencji. Ogranicza to możliwość porównywania szczepów, zrozumienia ich ewolucji oraz identyfikacji kluczowych mutacji związanych ze zjadliwością lub zdolnością przenoszenia.
Przyczyny tej ograniczonej dostępności są głównie techniczne i logistyczne, ale istnieje także brak świadomości potrzeby współpracy pomiędzy krajami. Praca z wirusem ASF wymaga laboratoriów o wysokim poziomie bezpieczeństwa (BSL-3), a tylko nieliczne ośrodki są wyposażone do przeprowadzania pełnych analiz genomowych. Ponadto sekwencjonowanie tak dużego genomu wiąże się ze znacznie wyższymi kosztami i nakładem czasu niż w przypadku innych wirusów.
Przypadek Włoch: naturalne laboratorium
Istotny wkład w naszą wiedzę o wirusie ASF pochodzi ostatnio z Włoch. Badanie „Molecular characterization of the first African swine fever virus genotype II strains identified from mainland Italy” (Giammarioli et al., 2023) dostarczyło pierwszej charakterystyki molekularnej szczepów genotypu II zidentyfikowanych na Półwyspie Apenińskim, ujawniając ich bliskie pokrewieństwo ze szczepami szeroko rozpowszechnionymi w Europie Wschodniej.
Rycina 1. Prawdopodobna droga szerzenia się wirusa ASF do ognisk w Lacjum, Kampanii oraz Nadrenii Północnej-Westfalii.
Następnie inne badanie opublikowane w 2025 r., „Genome-wide approach identifies natural large-fragment deletion in ASFV strains circulating in Italy during 2023” (Torresi et al., 2025), zidentyfikowało duże naturalne delecje w niektórych szczepach wirusa. Te mutacje, obejmujące utratę całych fragmentów genomu, mogą wpływać na zjadliwość lub zdolność wirusa do unikania odpowiedzi immunologicznej, jednak ich znaczenie biologiczne nadal wymaga wyjaśnienia.
Genotypy, serotypy i globalne rozprzestrzenianie
Wirus ASF klasyfikuje się na co najmniej 24 odrębne genotypy, na podstawie sekwencji genu B646L (kodującego białko p72), oraz niemal tyle samo serotypów, przy czym 8 najczęstszych określa się na podstawie zmienności białka CD2v (EP402R). Jednak zależność między genotypem, serotypem a zjadliwością nie jest jeszcze dobrze poznana: wirusy w obrębie tego samego genotypu mogą wykazywać odmienne zachowania epidemiologiczne.
Niedawne badanie filogenetyczne „A phylogenetic contribution to understanding the panzootic spread of African swine fever: from the global to the local scale” (Rossi et al., 2025) wniosło decydujący wkład w wyjaśnienie mechanizmów rozprzestrzeniania się wirusa w skali globalnej i lokalnej, wskazując, jak niewielkie zdarzenia ewolucyjne i mutacje punktowe mogą wpływać na geograficzny przebieg epidemii. Tego typu podejście filogenetyczne jest kluczowe dla odtworzenia „historii filogeograficznej” wirusa oraz interpretacji jego tras szerzenia się.
Rycina 2. Globalne rozprzestrzenianie się wirusa ASF (Rossi et al. bioRxiv 2025).
Nowe technologie, układanka do złożenia
Obecnie nowe platformy sekwencjonowania oraz zaawansowane narzędzia bioinformatyczne otwierają bezprecedensowe perspektywy. Techniki sekwencjonowania długich odczytów umożliwiają odczyt bardzo długich fragmentów DNA, ograniczając błędy w regionach powtarzalnych. Jednocześnie integracja z danymi proteomicznymi i strukturalnymi mogłaby pomóc w rozszyfrowaniu funkcji wielu genów, które nadal pozostają „osierocone znaczeniowo”.
Jednak dopóki kompletne genomy będą rzadko dostępne, a międzynarodowa współpraca naukowa ograniczona, wirus afrykańskiego pomoru świń nadal pozostanie — z genetycznego punktu widzenia — gigantem spowitym tajemnicą.
