0
Wirus afrykańskiego pomoru świń (ASFV) obecnie powoduje globalną pandemię wysoce śmiertelnej choroby u świń domowych i dzików. Obecnie rekombinowane żywe atenuowane szczepionki przeciw ASF, oparte na szczepie wirusa genotypu II, są komercyjnie dostępne w Wietnamie. Ponieważ w literaturze opisano 25 genotypów ASFV, istotne jest zrozumienie molekularnych podstaw i użyteczności genotypowania ASFV, a także rzeczywistego znaczenia genotypów w epidemiologii, transmisji, ewolucji, kontroli i profilaktyce ASFV. Historycznie genotypowanie ASFV wykorzystywano do śledzenia epidemiologicznego choroby i opierano je na analizie niewielkich fragmentów stanowiących mniej niż 1% genomu wirusa.
Metody: Dominująca metoda genotypowania ASFV opiera się na sekwencjonowaniu fragmentu genu kodującego strukturalne białko p72. Przypisanie genotypu realizowano poprzez automatycznie generowane drzewa filogenetyczne lub poprzez porównanie sekwencji docelowej z najbardziej zbliżonym genotypowanym genem p72. W celu oceny zasadności wykorzystania p72 do klasyfikacji genotypów ponownie przeanalizowaliśmy wszystkie dostępne dane genomowe ASFV.
Wyniki: Stwierdzamy, że większość genotypów opartych na p72, w momencie ich pierwotnego ustanawiania, nie została zidentyfikowana zgodnie z żadnymi konkretnymi kryteriami metodologicznymi ani prawidłowo porównana z już istniejącymi genotypami ASFV.
Wnioski: Na podstawie naszej analizy sekwencji białka p72 proponujemy, aby obecne dwadzieścia pięć genotypów, utworzonych wyłącznie na podstawie sekwencji p72, zredukować do zaledwie sześciu genotypów. Aby ułatwić rozróżnienie pomiędzy nowym i starym systemem klasyfikacji genotypów, proponujemy stosowanie cyfr arabskich (1, 2, 8, 9, 15 i 23) zamiast dotychczas używanych cyfr rzymskich. Ponadto omawiamy użyteczność genotypowania izolatów ASFV wyłącznie na podstawie sekwencji genu p72.
Spinard E, Dinhobl M, Tesler N, Birtley H, Signore AV, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. Ponowna ocena genotypów afrykańskiego pomoru świń na podstawie sekwencji p72 ujawnia istnienie jedynie sześciu odrębnych grup p72. Viruses. 2023; 15(11):2246. https://doi.org/10.3390/v15112246
